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王穉登的骗案虽然在江南人尽皆知，但是此时真正影响天下的大事还是妖书案。
这个案子出现的时间实在是太巧了，朱常洛虽然当上了太子，但是日子并不好过，万历皇帝和他的关系比较冷淡，且郑贵妃想要自己的儿子福王登上皇位的言论甚嚣尘上。
就在这时内阁大学士朱赓在家门口发现了宣称万历皇帝想要换储君的妖书，更利害的是妖书之中指名道姓的批判内阁大学士朱庚和首辅沈一贯是郑贵妃的帮凶，自然惊的一佛出世二佛升天。
朱赓不得不上疏为自己辩护，被提到的沈一贯也上疏，朱赓和沈一贯两个大学士为了避嫌只能待罪在家。
然后两人就开始怀疑：
内阁总共三人，倒了两个，而偏偏有东林党支持的沈鲤的名字没有出现在妖书之内。
万历三十一年的党争已经恶化，没事都要互相攻击，此时有一点火星子，两边哪里有不爆炸的道理？
局势紧张的情况下各党都希望利用妖书案去攻击对手，沈一贯代表的浙党和沈鲤代表的东林党势力很快开始互相攀咬。
先是东林党的同知胡化上书告发浙党的训导阮明卿“造作妖书”。
沈一贯本就怀疑沈鲤，见到东林党人先攻击，为了化被动为主动，连忙也指使党羽上疏攻击沈鲤和礼部尚书郭正域与妖书案有关。
于是原本还能独自主持内阁工作的沈鲤也被拉下水，万历朝的内阁全部沦陷。