担杆水道虽然以暗礁少而著称，但是过了入口段之后，也还是有些水深只有两米多的礁石，一个不小心碰上了就是船毁人亡。
正因如此，林海下令联合舰队在航行时分为四个分队。这四个分队大致是按照参战的四家来划分的，但却把吃水两米以上的船只集中到了一起。
也就是说，何汝宾部、黎忠国部、公沙部的大船都被划入了会友公司分队，按照一列纵队的阵型编队，各舰均跟随先导舰转向。这并非是为了保持战斗队形，而是为了航行安全。
剩余的三个分队都是吃水不足两米的单桅桨帆船或划桨舢板，在担杆水道基本上是可以闭着眼睛走的，也就没有编队航行的必要了。
在航行次序上，黎忠国部走在最前面，接着是公沙部、何汝宾部，最后是编队航行的会友公司分队，各分队必须确保邻近分队位于彼此的视线之内。
这个次序充分考虑了各分队实力以及对珠江口水文的熟悉程度，黎忠国部最熟悉水文，自然是当仁不让的开路先锋。
公沙部是除了会友公司分队之外战力最强的，所以被林海排在第二位，以便在前锋遇敌时迅速投入战场。
何汝宾部虽然船只数量比公沙部多，火器配置比黎忠国部强，但林海认为广东水师的兵员素质不行，所以把他们排在第三。
至于会友公司分队，除了葡萄牙人那艘谢贝克可以用船桨驱动之外，这是一支纯风帆舰队，火力虽强但操纵性能却是最差的，排在最后面主要还是为了航行安全，避免编队被其余分队干扰。
除此之外，舰队在担杆水道是侧顺风航行。李魁奇部如果想占据上风位，那也有可能会绕道维多利亚港和蓝塘海峡，突然出现在舰队的后方。