水师战船虽然重要，但是比战船更重要的是水手，水师可不像陆军，随便招募来人，稍加训练就可以投入战场，水手可不行，没有战船可以制造，没有水手可就麻烦了。
幸好大明水师还没有彻底败坏，按照兵部的制度，东南沿海一共设立海防卫所42卫，规定沿海卫所每百户所造船一只，卫所额船800余只，但是现在据兵部的统计，沿海在册的战船不到两百只。
还好大明的官员们已经意识到了水师的重要性，关于海防事宜，唐顺之已经上疏详细陈述了他的方略，就是首先，在陈钱、马墓等倭寇经常出没的海道上设置福船艘200苍山船300艘，与两浙兵船会哨于诸岛之间。倭寇来则击之，去则捣之，制人而不制于人。其次，以沙船500艘迭哨于苏州海口，选士兵万余在松江护塘警戒。待倭寇登岸时掩击。第三，集中松江轻便走轲五六百艘，游哨于黄浦、吴淞大小港之间，使倭寇不敢深入，敌舟不敢横行。
唐顺之的建议已经得到兵部的批准，同时在南京制造福船，以供军用。
同时胡宗宪也在浙江加强海防，调发横江、乌尾船二百余艘，改造福清船四百余只，苍沙民船复数百只，与苏松互为呼应，截击倭寇。
在兵部送来的资料中，还有一份俞大猷的奏疏，详细阐述了他对于东南海防的看法，俞大猷认为：浙、直、通、泰间最利水战。往时多用沙船破贼，请厚赏招徕之。防御之法，守海岛为上。宜以太仓、崇明、嘉定、上海沙船，及福、苍、东莞等船守普陀、大街。陈钱山乃浙直分路之始，狼、福二山约束首尾，交接江洋，亦要害地，宜督水师固守。
同时戚继光在苏松总兵任上的一份奏疏也详细阐述了他对于苏州海防的看法：苏州所造之船数本不多，仅可以支把港之用。此但可以言守，而不可以言战。须得福船、苍山各数十只，沙曹民船二三百只。每至风汛时月，分泊港口，各住信地。更番出至洋山，往来游击昼夜不绝。外则为定海、吴淞会哨兵船之羽翼，内则为海港把守兵船之扞卫。