讲官们对于寺院的不断扩张也是极为反感，但是东南地区佛教势力很大，讲官们建议朱载坖慎重处理。
确实，东南佛教昌盛，若是没有一个正当理由的话，恐怕很难动这些寺院和秃驴。
朱载坖问道：“陆绎，可有什么好的理由？”
陆绎想了想说道：“殿下，何不以通倭为由？”
朱载坖明白陆绎说的意思，东南沿海倭乱兴起，朝廷实行海禁，但是这些和尚僧人私创寺院，收揽民众，在倭患严重时作为贼寇侵略本地的助手。这事已经是被地方州县证实了的，倒不是锦衣卫胡乱攀咬。
朱载坖说道：“就以此为由，整顿寺院！”
朱载坖将海瑞、赵贞吉、唐顺之叫来，告知自己的想法，同时希望赵贞吉以南直隶巡按的身份主持此事。
朱载坖说道：“僧侣勾结倭奴入寇，滋蔓既久，遂成大乱，若不早图，恐生大乱也！”
对于朱载坖的看法，赵贞吉等人倒是并不反对，江南佛教兴盛，确实已经到了影响大明朝廷的地步。
而且嘉靖本人对佛教就极为反感，嘉靖继位之初，显示出强烈地排佛意向与决心，首先就规定了寺田起科，僧道同服徭役。针对原先僧尼可以免除徭役，嘉靖作出改变，度牒僧人有田粮者编入黄册，同里甲供应赋役。无粮者编入带管畸零。不再享受免役特权。