沐氏认为自己以国公之尊，镇守云南，当然是应该节制地方三司的。成化十年，沐琮鉴于自己与三司隶属关系不明确，奏请正式规定由沐氏节制三司。兵部认为“若令节制，事权太重，唐之藩镇可鉴也”，没有批准沐琮的请求。
沐氏想方设法扩展自己的权力的时候，云南的地方三司也在限制沐氏的权力，自成化以来，云南三司就不断地上疏参劾沐家，向朝廷揭发沐家的种种不法行为，制约沐府势力的发展，避免形成尾大不掉的局面。
地方地方弹劾沐家，朝廷往往会借题发挥，对沐家加以训斥，之前云南的抚按弹劾沐家之后，嘉靖就借机下诏：闻尔等平昔不以边备为重，纵下人悠为虐害，军政不修，民用日困，而又风宪相比不言，是致边夷敢为侵侮。对沐家加以训斥。
当然沐家也不是什么吃素的，他们很清楚自己的优势所在，沐家久镇云南，在云南这些土司中地位尊崇。一旦云南出现土司动乱，沐家往往借此机会索要权柄，之前云南土司叛乱的时候，沐朝弼就上疏称：巡抚游居敬议征东川叛夷，调兵支晌并不关，臣总镇职掌荡然。
朝廷为了尽快平定云南的动乱，往往予以答应。沐府与云南地方官是相互制约的。沐氏强有力时，地方抚按官听其号令，但是朝廷往往会在承平之后削弱沐氏的权势，尤其是云南的抚按官员，承平日久，文纲周密（本章未完，请翻页）
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