虽然高耀上位的方式有些不光彩，但是高耀的能力还是不错的，高耀刚刚上任，就详细计算统计了九边的京运年例，并且条陈上疏。
按照高耀的统计，各边应发年例军饷银：大同四十四万七千两、宣府二十四万两、山西十四万两、延绥二十七万五千两、易州五万三千两、蓟州三十七万四千两、密云十四万五千两、昌平六万五千两。
同时为了节省年例银的发放，对于离京师很近的蓟镇等处，高耀建议运京仓米二万石赴密云、二万石赴昌平、通仓米四万石赴蓟州抵年例，嘉靖对于高耀的建议都加以采纳。
高耀上任之后，确实是比之马坤要强多了，高耀上任之后，就要求各处追解其所逋欠之提编均徭银。同时要求科道和户部一道核算东南抗倭的军费，将结余的军饷，解运到部，以供朝廷支用。
同时高耀还要求清理京营的军籍，在兵部尚书杨博的支持下，清理京营占役三万七千余人，将提督营建戎政的好几位勋臣都拉下马来了。朱载坖也在关心这些事情，但是朱载坖没有关心这个事情，而是关心兵部和户部的扯皮去了。
之前兵部尚书杨博上疏嘉靖，兵部议命岁发帑银三万两充蓟镇抚赏属夷之用。嘉靖也御批同意了，但是到了户部这里，高耀压根就不买账，高耀表示粮缺乏议止发银六千。
这少的也太多了，杨博当然不干了，结果还没等杨博上疏扯皮了，高耀就为此上疏了，高耀向嘉靖上疏称：诸夷索赏数多，各关提调费无所出。乃私借募军银及克减月粮给之，此犹剜肉医疮，势必糜烂，祈请严禁之。
对于高耀的上疏，朱载坖倒是觉得很不错，上次欧阳安之所以兵败，导致蓟镇破口，就是因为关外的这些所谓的顺夷余俺答勾结，欺骗官军，以致大败，朱载坖认为拿银子给这个蛮夷，还不如给官军士卒们呢，赏赐，赏赐他们些铅子箭矢还差不多。